Si l'équipe de AER est légère, elle est organisée dans le souci de la meilleure efficacité et de l'emploi maximum des compétences de chacun.
L’Assemblée Générale d' AER, association loi de 1901, sur proposition et rapport du Conseil d’Administration qu’elle a désigné, définit les orientations, le programme et contrôle les réalisations. Elle approuve les comptes.

Le Conseil d’Administration et son bureau (présidence, secrétariat général, trésorerie) conduisent la recherche des ressources indispensables à son action, établissent les partenariats nécessaires et définissent les moyens. Une équipe opérationnelle sous contrôle du Conseil propose les programmes et gère les réalisations.

Elle comprend en France :

• Trois chefs de projets bénévoles en charge respectivement du Développement Rural, de l’Éducation pour tous et de la Santé, du Parrainage.
• La secrétaire générale, bénévole, assurant la coordination nécessaire et les fonctions supports.
• Une secrétaire comptable et une secrétaire, salariées à temps partiel (2 jours par semaine).

Des comités régionaux :

Pour développer sur le terrain les initiatives des adhérents et parrains, le Conseil d'Administration a voté la création de comités régionaux. Deux sont nés:

• Le comité Midi-Pyrénées
• Le comité Rhône Alpes

Structures simples, décentralisées d'AER elles permettent aux personnes qui soutiennent l'association et qui le souhaitent, de se mobiliser pour développer les parrainages d'enfants, récolter des fonds, organiser des manifestations, permettre aux adhérents, parrains et marraines de se rencontrer.

Au Cambodge :

Deux coordinateurs (l'un cambodgien, l'autre français), travaillant à temps partiel, et rémunérés selon les standards locaux, assurent, sous la conduite des chefs de projet, les réalisations en les inscrivant totalement dans les réalités politique, économique, humaine et sociale du Cambodge.Un agent technicien, rétribué également à temps partiel, a en charge le suivi du parrainage et  certaines étapes des réalisations.