AER, pour répondre aux attentes des autorités françaises et cambodgiennes qui la soutiennent, ainsi qu’à tous les donateurs et partenaires, doit avoir une gestion rigoureuse, soucieuse de réserver ses ressources pour les villages.

Pour la réalisation, les principes suivants doivent être retenus en matière de gestion : la gestion des projets est placée sous la responsabilité des Chefs de projet, membres de l’équipe de direction d'AER. Ils sont habilités à engager les responsabilités technique et financière de l’association, assurent l’animation et le contrôle des projets qui leur sont confiés.

La conduite des projets de l’AER est organisée de la manière suivante :

Les comptes bancaires, en France et le compte ouvert à la May Bank à Phnom Penh sont gérés par le trésorier de l’Association. Sont habilités à passer des ordres, séparément :

• La Présidente, la Secrétaire Générale et le Trésorier pour les comptes France et Cambodge.
• Les mêmes personnes et les chefs de projet pour le compte au Cambodge.

La Secrétaire Générale, avec l’appui des chefs de projet s’assure de la bonne application de ces principes qui seuls apportent aux donateurs la garantie "in fine" de la bonne gestion des ressources et des dépenses.
Le Trésorier est le garant des équilibres financiers de l’Association et le garant de l’orthodoxie de l’ensemble des opérations comptables. Il suit avec rigueur le budget voté par l’Assemblée Générale.

Un expert comptable, commissaire aux comptes, s’assure de l’exactitude et de la sincérité des comptes.