Dans les villages où elle intervient, AER favorise le parrainage d'enfants dans les familles les plus pauvres. Il permet à ces enfants de suivre une scolarisation normale et de préparer ainsi, dans de meilleures conditions, leur avenir.

Le parrainage est une aide financière donnée aux familles très pauvres choisies par l'intermédiaire de AER. Cette aide est apportée par des parrains et marraines ayant adhérés aux objectifs de l'association.
Ce soutien est conditionné par l'engagement de scolariser l'enfant au lieu de le retenir pour les travaux des champs ou ménagers.

Il est aussi un engagement moral demandé aux parrains ou marraines : celui d'accompagner l'enfant tant que sa scolarisation se poursuit (primaire, secondaire, supérieure). Il s'agit d'un engagement dans la durée.

AER, pour le compte des parrains et marraines, s'assure que l'enfant poursuit sa scolarité avec régularité. Si l'enfant cesse d'aller à l'école, AER, après en avoir informé les parrains, met fin à l'aide versée.

Si un parrain ou une marraine est défaillant, l'association prend le relais pour ne pas interrompre l'aide à l'enfant, en attendant d'avoir trouver un nouveau parrain ou marraine. Le parrainage est aussi, l'établissement d'un véritable dialogue entre les parrains et les enfants. Il s'établit par l'échange de courriers et de photos.

Certains parrains vont au Cambodge et rencontrent leurs filleuls dans leur cadre de vie. Chaque année les parrains reçoivent le bulletin de notes de l'enfant. Ils suivent ainsi les résultats de leurs filleuls.

Le parrainage est vital pour certains enfants de familles particulièrement pauvres, et reste accessible à la plupart des familles françaises, compte tenu des réductions fiscales attribuées.

Le Conseil d'Administration fixe le montant de la contribution mensuelle :

Pour le primaire, elle s'élève à 20€ par mois.

Pour le secondaire, la participation peut rester la même, mais il est souhaitable, vues les défaillances de l'enseignement, que les collégiens participent à des cours supplémentaires (khmer, maths, physique, chimie et anglais), augmentant sensiblement la contribution.

 La répartition en trois pôles, du parrainage, varie selon le niveau de  scolarité de l'enfant, mais dans tous les cas :

• Une partie est attribuée à la famille; elle compense le déficit de main- d'oeuvre lié à la scolarité de l'enfant
• Une autre partie est utilisée aux actions collectives en faveur des enfants des villages. 
• Une infime partie est réservée aux frais de fonctionnement

À ce jour, 235 enfants des villages sont parrainés

 En 2010, 16 collégiens ont obtenu le brevet des collèges et 6 lycéens le bac.

A la rentrée 2010-2011, 80 élèves fréquentent le secondaire (54 en collège et 26 au lycée), et 5 étudiants suivent les cours en université. 

D'autres enfants attendent d'être parrainés